Πολλά και σημαντικά μουσεία λειτουργούν στη Θράκη. Πολλά από αυτά είναι Αρχαιολογικά, αλλά υπάρχουν και Φυσικής Ιστορίας, Λαογραφικά, Ιδρύματα Τέχνης, Πινακοθήκες, Εκλησιαστικά, θεματικά σε πόλεις και μεγάλους οικισμούς. Ενα από τα πιο σημαντικά σε όλη την Ελλάδα είναι το Εθνολογικό μουσείο Θράκης, στην Αλεξανδρούπολη.